He leído esto en algún sitio recientemente y me ha llamado mucho la atención porque no lo sabía. Resulta que es posible cambiar la carpeta en la que ASP.NET 2.0 compila las aplicaciones y genera todos sus ensamblados. Para ello basta con indicarlo en web.config dentro del nodo 'compilation' usando el atributo 'tempDirectory', así:

<compilation tempDirectory="C:\Temporales"/>

Muy sencillo. Igual te puede resultar útil en alguna ocasión.